1) Das ist Sache der Lüftersteuerung. Wenn es vom CPU-Kühler kommt, dann im BIOS die Lüfterkurve anpassen.
Wenn es von der Grafikkarte kommt, dann lässt sich da beim Systemstart nichts machen, jedenfalls nichts ohne Garantie und Gewährleistung zu verlieren. Erst ab dem Zeitpunkt wo die Treiber geladen werden, kann man ohne Verluste eingreifen.
2) Was ist die Frage? Ob 3 Schreiben genügen? Eigentlich schon.
Je nachdem wo die Schraube liegt, könnte die zu einem Problem werden. Sie könnte bspw. einen Kurzschluss verursachen.
3) Kannst du nochmal eine komplette Auflistung machen, was nun verbaut ist, bzw. was du noch verbauen willst?
Der Mainboard-Tray des Gehäuses hat oftmals Aussparungen durch die man die Kabeln führt. Da lässt sich normalerweise nichts entfernen, man muss die Kabel durchziehen.
Je nach Gehäuse, lässt sich die Verkleidung der Netzteil-Kammer entfernen, dann hätte man mehr Platz.
(Wo sind 4 & 5?)
6) In der Regel nur bei HDDs, bei SSDs ist es überflüssig da diese von sich aus keine Bewegungen und somit auch keine Vibrationen verursachen.
@Update: Hast du mehrere Bildschirme angeschlossen?
Bei mir kommt es vor, das manchmal der Hauptbildschirm wechselt. Bin mir aber nicht sicher ob das nun von Windows oder dem Treiber verursacht wird. Oder daran liegt, das der zweite Bildschirm einfach schneller reagiert hat, so das dann der zweite Bildschirm als Hauptbildschirm gewählt wurde.
Da ich mein zweiten Bildschirm in der Regel gar nicht aktiviert habe (ein Bild wird also nur auf meinem Hauptbildschirm angezeigt), kann ich nicht sagen, ob das häufiger auftreten kann.
@Geräusch: Mit einer Anpassung der Lüfterkurve kannst du da Abhilfe schaffen, so das die Drehzahlbereiche die zu den nervigen Frequenzen führen, möglichst nicht genutzt werden.
@CPU selbst zurückgenommen:
Lass mal
HWiNFO64 (die Portable-Version reicht) im Hintergrund mitlaufen, das zeigt mit einem eigenen Eintrag ob die CPU sich gedrosselt hat.
Dazu sei noch gesagt, Prime95 erzeugt sehr hohe Last und somit auch hohe Temperaturen, wie sie beim spielen nicht auftreten werden.